学术论文

      多核平台PAML并行算法研究

      Parallel algorithm for PAML on multi-core platform

      摘要:
      PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用.然而,由于模型复杂、参数众多,PAML的计算过程非常耗时.对PAML中最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈.在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度.实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍.
      Author: YANG Ju WU Zhuo-feng WANG Gang LIU Xiao-guang
      作者单位: 南开大学计算机与控制工程学院,天津,300071
      刊 名: 计算机工程与科学 ISTICPKU
      年,卷(期): 2013, 35(9)
      分类号: TP393.027
      机标分类号: TP3 TP1
      在线出版日期: 2013年11月11日